Le Vengeur vient d’accoster à Brest. L’équipage s’affaire aux dernières tâches avant de descendre à terre. Parmi eux, Querelle, beau marin à l’immense pouvoir de séduction, ne laisse pas insensible son supérieur, le lieutenant Seblon.

Dans le plus grand bouge de la ville, au milieu de la nébuleuse interlope du port, Querelle retrouve son frère Robert. D’étranges rapports de haine et d’amour lient les deux hommes. Fasciné par Lysiane, la maîtresse de Robert, Querelle doit cependant se soumettre au désir de Nono, le tenancier du bordel…